我已经尝试了几个小时,但无法弄清楚如何在构建过程中在 Dockerfile 中激活和切换 anaconda 环境
这是初始代码:
FROM nvidia/cuda:10.1-cudnn7-devel-ubuntu16.04
# Set user
ENV SETUSER myuser
RUN useradd -m $SETUSER
USER $SETUSER
WORKDIR /home/$SETUSER
# Install Anaconda
RUN wget https://repo.anaconda.com/archive/Anaconda3-2019.03-Linux-x86_64.sh
RUN bash Anaconda3-2019.03-Linux-x86_64.sh -b
RUN rm Anaconda3-2019.03-Linux-x86_64.sh
# Set path to conda
ENV CONDA_ENV_NAME mynewenv
RUN /home/$SETUSER/anaconda3/condabin/conda create -q --name $CONDA_ENV_NAME python=3.6 && \
/home/$SETUSER/anaconda3/condabin/conda clean --yes --all
RUN /home/$SETUSER/anaconda3/condabin/conda activate base #Just for testing anaconda environment
起初,Docker 中的 anaconda 会提示 shell 设置不正确,所以在 conda create 命令之后我添加了:
RUN /home/$SETUSER/anaconda3/condabin/conda init bash
RUN /bin/bash -c "source /home/$SETUSER/.bashrc"
RUN /home/$SETUSER/anaconda3/condabin/conda activate base
在构建 docker 镜像后运行 3 个命令有效(即在调用 docker run container-name 后以交互方式运行),但由于某种原因,它在构建容器时不起作用。我发现 $PATH 变量在构建期间没有被更新,所以在构建时和构建后比较我的 $PATH。
ENV PATH /home/$SETUSER/anaconda3/envs/$CONDA_ENV_NAME/bin:$PATH
ENV PATH /home/$SETUSER/anaconda3/condabin:$PATH
ENV PATH /home/$SETUSER/anaconda3/bin:$PATH
RUN conda init bash
RUN /bin/bash -c "source /home/$SETUSER/.bashrc"
RUN conda activate base
现在,构建时的 Docker $PATH 和构建后运行容器时交互式修改的 $PATH 是相同的,但我仍然收到 shell 未正确设置错误。
CommandNotFoundError:您的 shell 未正确配置为使用“conda activate”。
要初始化你的 shell,运行
$ conda 初始化
目前支持的 shell 有:
- 重击
- 鱼
-tcsh
- xonsh
-zsh
- 电源外壳
有关更多信息和选项,请参阅“conda init --help”。
重要提示:您可能需要在运行“conda init”后关闭并重新启动 shell。
为什么这不起作用???
我已经看到使用 miniconda docker 模板可能有解决方法,但我不能使用它。 Docker搭建过程中如何创建和切换anaconda环境?谢谢!
请您参考如下方法:
你的 Dockerfile 中有太多的 RUN 命令。不仅仅是每个 RUN 在图像中创建一个新层。也就是每个 RUN 命令都会启动一个新的 shell,并且 conda activate
仅适用于当前 shell。
您应该将操作的逻辑组组合成一个 RUN 命令。使用&&
组合命令,和 \
为了可读性而换行:
RUN conda activate <myenv> \
&& conda install <whatever> \
&& ...
请记住:在该 RUN 命令结束时,shell 将消失。因此,如果您想在之后对该 conda 环境执行其他操作,则必须运行
conda activate
再次,否则使用
-n <myenv>
将某些东西放入环境中而不先激活它。
当你从镜像启动一个容器时,你还需要调用
conda activate
容器内。